בתקופה האחרונה התרחבו הסימנים והטענות לתפקודך הכללי, כותב השר בן גביר לשבתאי. השר מציין גם כי התפקוד הלקוי של שבתאי בא לידי ביטוי בכך שהוא לא הופיע להערכת המצב בנושא מירון, לא ביקר בחפ"ק בשטח ולטענת בכירים במשטרה היה "מנותק קשר".
השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר זימן את מפכ"ל המשטרה קובי שבתאי לשימוע ביום רביעי הקרוב, בטרם ימליץ לממשלה להקדים את סיום כהונתו.
במכתב למפכ"ל מציין בן גביר את ההחלטה להאריך את כהונתו על רקע תפקודו באירועי שבעה באוקטובר, "ואולם, בתקופה האחרונה הסימנים והטענות לתפקודך הכללי מתרבים, מה שמשפיע על תפקודה של משטרת ישראל בכלל, ובמיוחד בתקופת מלחמה זו".
אנשי צוותו של המפכל ציינו: "שליחת מכתב כזה לתא הכתבים ולא בדרכים המקובלות היא עדות על התנהלות פסולה ובריונית של שר שלא מקבל על עצמו את החוק וממשיך בדרכו הפסולה בניסיון להטיל מורא על שומרי הסף. בחודשים האחרונים המפכ"ל עומד כמולכד מול השר בניסיונות חוזרים וחוזרים לחלל את תפיסתו לארגון. לגבי הטענות המופרכות שבהם אין כל בסיס ראוי ונכון שלא היו אמורים להיאמר, בטוח שכשהדברים מגיעים משר אשר באופן אלים מנסה בכל דרך להשתלט על המשטרה ולהפוך אותה למליציה פרטית. המפכ"ל לא יירתע מכל ניסיון לפגוע באופן אישי, והמשטרה וטובתה הם העומדים בראש מעיו".
השר בן גביר מציג דוגמאות המחזקות את טענותיו: "לדוגמה, בהכנות לאירועי מירון לא הופיעת לערכת המצב המסכמת בנושא, גם לא ביקרת בחפ"ק בשטח, ולפי בכירים במשטרה היית "מנותק קשר" לחלוטין. דברים אלו מתווספים לחוסר התיישבות והוראות בראשותך בנושא הפשיעה במגזר הערבי וארגוני הפשיעה, למרות ההנחיות שלי בנושאי גניבות רכבים, תאונות דרכים, גיוסים למשטרה, מימוש תקציבים, רכישת ציוד וניהול כללי של המשטרה. אני מקבל דיווחים המספרים על היעדרותך הכללית ממשימתך".
השר בן גביר מוסיף כי "בהתועלת פרקטית, הדבר היחיד שבו אתה מתפקד, הוא קידום קצינים מקרוב בלבד. על דעתי בכירים רבים במשטרה טוענים כי "אין מה לדבר עם המפכ"ל, המפכ"ל בפועל הוא ערן היועץ האסטרטגי".
בהמשך, כותב השר בן גביר למפכ"ל כי "מוטלת על השר אחריות מיניסטריאלית לתפקוד של המשטרה, והוא אינו יכול להסתתר "כמשקיף מן הצד", בכל הנוגע להתנהלות דרגי הביצוע".