התבטאות שהשמיע פרנציסקוס במפגש סגור עם בישופים איטלקים עוררה סערה רבה, והוותיקן נאלץ לפרסם הבהרה: "הוא לא התכוון לפגוע באיש". הערתו הפתיעה רבים לאור הסובלנות שהפגין כלפי הקהילה מאז תחילת כהונתו, כולל האמירה המפורסמת: "מי אני שאשפוט?"
לפי הדיווחים בתקשורת האיטלקית, האפיפיור אמר בכינוס של ועידת הבישופים האיטלקית כי אין להותיר להומואים לעבור הכשרה לכמורה וציין כי יש כבר אווירה של frociaggine, "מתרוממים" בתרגום חופשי, ביטוי הנתפס כהשמצה פוגענית במיוחד כלפי חברי הקהילה.
"האפיפיור פרנציסקוס מודע לכתבות שפורסמו לאחרונה בנוגע לשיחה שניהל עם בישופים מאחורי דלתיים סגורות", מסר דובר הכנסייה הקתולית, מתאו ברוני. "כפי שהוא הצהיר יותר מפעם אחת, 'בכנסייה יש מקום לכולם, לכולם! אף אחד לא חסר תועלת או מיותר, יש מקום לכולם, בדיוק כמו שאנחנו".
לדבריו, "האפיפיור מעולם לא התכוון להעליב או להשתמש בשפה הומופובית, והוא מתנצל בפני כל מי שנפגע מהשימוש במילה".
תומכיו הפרוגרסיביים טוענים זה זמן רב כי בעוד שמעט מאוד השתנה באופן מוחשי במונחים של זכויות הומוסקסואלים בקתוליות, הוא שינה את הטון בגישתה של הכנסייה.
כשנשאל על הומואים בתחילת כהונתו כאפיפיור, הוא עלה לכותרות כשהשיב: "מי אני שאשפוט?".
לאחרונה הוא עורר תדהמה בקרב שמרנים קתולים כשאמר שמותר לכמרים לברך זוגות חד-מיניים בנסיבות מסוימות, והוא התבטא לעתים קרובות בקבלתם בברכה של הומואים בכנסייה.
עם זאת, ראש ארגון זכויות הלהט"ב הקתולי DignityUSA, מריאן דדי-בורק, כינתה את ההערות שיוחסו לאפיפיור כ"מזעזעות ופוגעניות", במיוחד עבור כמרים הומואים ששירתו את "קהילתו של אלוהים בנאמנות והיטב".
"למרבה הצער, גם אם היא הייתה אמורה להיות בדיחה, הערתו של האפיפיור חושפת את עומק ההטיה האנטי-הומוסקסואלית והאפליה הממסדית שעדיין קיימות בכנסייה שלנו", אמרה לסוכנות הידיעות רויטרס.
