המהפכה שעשתה שייטת 13 במהלך מלחמת "חרבות ברזל": בחיל הים החליטו להנגיש את היכולות הייחודיות של יחידת העלית לכלל מערכי התמרון של צה״ל במלחמה. בשייטת הקימו צוותי קרב פלוגתיים, כל צוות כזה צורף לאוגדה מתמרנת של צה״ל והיה אמון לבצע משימות מורכבות שבהן האוגדות נדרשו לבצע באופן ממוקד סריקות מנהרות מיוחדות, חילוץ כוחות מזירות לחימה מורכבות, חילוץ חטופים חיים ומתים, פעילות איסוף מודיעין בנקודות קצה ועוד.
בחיל הים אומרים כי במהלך מלחמת לבנון השניה התסכול של לוחמים ומפקדים היה גדול משום שהיכולות שלהם לא הגיעו לכדי מימוש במהלך המלחמה. בשייטת 13 יזמו את המהלך של צוותי לחימה קטנים שהוצמדו לאוגדות, מה שהוביל שלכל מפקד אוגדה היה כוח עלית ייחודי תחת היד.
אבל שייטת 13 לא הייתה היחידה שהביאה את יכולות הלחימה הימיות של חיל הים לזירות הלחימה של צה״ל במלחמת ״חרבות ברזל״. חיל הים הוביל מהלכים רבים במהלך המלחמה – בניית תוכניות התקיפה בתימן, הגנה על שמי ישראל מול איומי הכטבמ״ים לצד חיל האוויר, ביצוע מטות תקיפות וסיכולי אדם ומערכים בעזה, לבנון וסוריה, פעילות של סיכול או חטיפה של פעילי טרור בעומק שטח אויב והשמדת סוללות נ״מ בסוריה – שאפשרה לחיל האוויר לבצע תקיפות נרחבות במדינה. חיל הים השמיד את מרבית חיל הים הסורי. בין לבין ביצע חיל הים שמירה על המתקנים האסטרטגיים של ישראל מפני תקיפות של חיזבאללה, תימן, חמאס ואיראן.
חיל הים כשל במשימה המרכזית שלו להגן על חופי ישראל ב-7 באוקטובר. ההיערכות שלו בבוקר השבת השחורה לא הייתה מספקת. שעתיים וחצי לפני הפלישה של חמאס קיבל חיל הים התראה. היה זה מפקד אוגדת עזה שהתקשר למפקד בסיס אשדוד ועדכן אותו על התרחשות לא שגרתית המתבצעת בעזה וביקש ממנו להעלות את הדריכות. היום (שישי) ניתן לפרסם כי בשעה 05:00 בבוקר, שעה וחצי לפני תחילת המתקפה, ביצעו בחיל הים הערכת מצב והעלו את הדריכות אבל לא הוציאו כלים נוספים לים.
למרות הכישלון שהתבטא בהגעת שתי סירות מחבלים לחוף זיקים ורציחת עשרות אזרחים במקום, בהם בני נוער, חיל הים התעשת. כחצי שעה אחרי שהחלה הפלישה של חמאס הציג חיל הים מטרות לחיל האוויר בעזה, כולן שייכות לכוח הימי של חמאס בעזה. כשעתיים אחר כך החל חיל האוויר לבצע תקיפות נרחבות כנגד אותן מטרות שהעביר חיל הים.
מאז 7 באוקטובר מונע חיל הים את יציאת ספינות הדיג מעזה אל הים. מה שהיה ענף כלכלי מרכזי – הושמד. בחיל הים אומרים כי כל עוד יש חטופים ישראלים בעזה לא תתאפשר יציאה של סירות לים מחשש לניסיונות הברחה של חטופים מהים לסיני. בחיל הים מבינים כי בכל הסדר יווצר פרימטר ימי שימנע כניסת סירות עזתיות בצפון הרצועה וגם בדרומה.
במהלך המלחמה בעזה העניק חיל הים חיפוי ימי מסיבי לכוחות. כל כוח שפעל במערב הרצועה זכה לליווי צמוד של ספינות טילים וספינות דבורה. באמצעות מערכות הראיה הקיימות בספינות איתרו הכוחות הימיים מארבים ומערכי אויב, וכן פעילות של מחבלים בודדים שהתכוונו לפגוע בכוחות ועד למה שהתרחש בעת התמרון ברפיח, כאשר עשרות רבות של מחבלים, בהם בכירים, ניסו להימלט דרך הים למצרים, חלקם בשחיה וחלקם בעזרת קיאקים וסירות משוטים. חיל הים חיסל עשרות מהם.
במהלך המלחמה ירה חיל הים ארבעים אלף פגזים של 25 מ״מ מספינות הדבורה לעבר מטרות על החופים. עוד עשרת אלפים פגזים של 76 מ״מ ירה חיל הים מספינות הטילים לעבר מטרות בשטחי אויב. חיל הים ירה עשרות טילי ים קרקע לעבר מטרות בעזה ועוד מאתיים טילים כאלה לעבר מטרות בלבנון.
אחת התקיפות שביצע חיל הים הייתה מול חופי טריפולי. השב״כ העביר מידע כי מחבל בכיר, אחד מראשי הזרוע הצבאית של חמאס מנהל מהלכי מלחמה מביתו בעיר טריפולי בצפון לבנון. האיש התגורר בקומה החמישית בבניין בן שש קומות שחלקו מאוכלס באנשי יוניפי״ל של האו״ם. בצה״ל ובשב״כ הבינו כי היכולת המבצעית של חיל הים עדיפה למשימת החיסול של המחבל. הסטי"ל המתין בלב ים מול חופי טריפולי במשך יממות שאנשי השב״כ יעבירו את האינדיקציה כי המחבל הגיע לדירתו ונכנס לחדר השינה. שתי דקות אחר כך טיל ימי ששוגר מלב ים כמה עשרות ק״מ מהיעד חדר דרך החלון לתוך חדר השינה בדיוק רב והרג את המחבל מבלי שאיש מהשכנים נפגע.
במקרה אחר זיהה סטי"ל של חיל הים מארב שהציבו מחבלים בעזה לכוח שריון. מסיפון הספינה הכווינו הלוחמים כלי תקיפה של חיל האוויר שניות לפני שהמחבלים ביצעו ירי טילים נגד טנקים על הכוח של צה״ל. כל המחבלים הושמדו בתקיפה.
בספינות הטילים של חיל הים הותקנו מערכות של "כיפת ברזל" ימית. מדובר במערכת מכ״מ וכן משגרי טילי תמיר כמו של "כיפת ברזל" קרקעית. כאשר בצה״ל הבינו כי איום הכטב"מים מתגבר הוחלט להציב לאורך חופי ישראל ספינות טילים אשר מערכות המכ״מ שלהן סייעו לאתר עשרות כטבמי״ם וטילים שירה חיזבאללה מלבנון לישראל. במקביל יירטו ספינות חיל הים מאות טילים וכטבמי״ם שנורו לשטח ישראל: מעזה, לבנון, סוריה, תימן, איראן ועיראק.
גולת הכותרת של חיל הים הייתה שעות לאחר חיסולו של מנהיג חיזבאללה חסן נסראללה. חיזבאללה בנה מערך של טילי קרקע ים. הוא תכנן לפגוע באסדות הגז של ישראל ולהשבית את כלל חופש השייט מישראל תוך פגיעה באוניות סוחר באזור מפרץ חיפה ובאזורים נוספים בים התיכון. חיל הים הצליח לאתר את המבנים בהם איחסן חיזבאללה את הנשק האסטרטגי שאמור היה לגרום לישראל פגיעה קשה כלכלית, צבאית ואסטרטגית. בתוך דקות ובדיוק רב הושמדו הטילים.
בצה״ל מספרים כי לאחר שבצה״ל זיהו ביום שישי את קריסת ממשל אסד והבינו כי נפתח חלון הזדמנויות של ימים ספורים להשמיד את כל המערכים ההתקפים של צבא סוריה, ביום שבת בבוקר כבר אישרו הרמטכ״ל והדרג המדיני את התוכניות של חיל הים לתקוף את הנמלים בלטקיה ובטרטוס שבסוריה.
מבצע ״חץ הבשן״ לא בוצע על פי התוכניות. במקור אמורות היו ספינות הטילים לתקוף בלילה שבין ראשון לשני. הספינות הגיעו מול חופי סוריה ושייטו בלב ים כאשר חיל האוויר ביקש סיוע דחוף. חיל האוויר איתר חמש סוללות טילי נ״מ שהקשו על חופש התנועה שלו. הספינות של חיל הים ממרחק בלב ים שיגרו טילים מדויקים ובתוך דקות השמידו את סוללות הטילים שחלקן היו מהדגמים המתקדמים ביותר שצבא סוריה קיבל לידיו. רק לאחר 24 שעות נכנסו שוב ספינות הטילים של חיל הים לפעולה ובתוך כשעה הן הטביעו בנמלי הבית של חיל הים הסורי 15 ספינות קרב ימיות, בהן ספינות טילים שעליהן היו טיל ים קרקע שיכלו לפגוע במטרות ימיות ואסטרטגיות בישראל.
