התובעת הצבאית הורתה לצוות החקירה של המטכ"ל לבחון את מבצע התקיפה האווירי שבוצע ברפיח. במהלך המבצע, הותקפו מטרות טרור חיוניות, ובכללן בכירים במפקדת הגדה המערבית של חמאס, אשר תכננו והוציאו לפועל התקפות טרור קטלניות נגד אזרחים ישראלים, ואף הנחו פעולות טרור באזור יהודה ושומרון.
לפי הודעת צה"ל, "הפעולה התבססה על מודיעין מוקדם ומהימן שאישר את נוכחות המחבלים באתר". בנוסף, הובהר כי "לפני ביצוע התקיפה, ננקטו אמצעי זהירות מקיפים למניעת פגיעה באזרחים חפים מפשע, כולל סריקות אוויריות, שימוש בנשק מדויק, ואיסוף מודיעיני נרחב, שהצביעו על סבירות נמוכה לפגיעה באוכלוסייה אזרחית".
חשוב לציין כי הפעולה בוצעה מחוץ לאזור ההומניטרי באל מוואסי, שאליו הונחתה האוכלוסייה להתפנות על ידי צה"ל.
בתגובה לדיווחים מצד תושבי עזה והרשויות בשליטת חמאס, דובר צה"ל מסר כי "אנו מודעים לטענות בדבר פגיעה במספר אזרחים בלתי מעורבים כתוצאה מהתקיפה והשריפה שפרצה באזור. המקרה נמצא בחקירה".
