ששת החטופים נרצחו זמן קצר לפני שכוחות צה"ל איתרו אותם, כך עולה מתחקיר ראשוני בצה"ל על אודות חילוץ גופות החטופים ממנהרה באזור רפיח. בצה"ל לא יודעים לומר כמה זמן עבר מאז שנרצחו בידי שוביהם, וייתכן שמדובר ביממה אחת בלבד, אך ייתכן גם שביומיים או בשלושה קודם לכן. המכון לרפואה משפטית יכריע לאחר שיסיים את בדיקת הגופות.
המנהרה שבה הוחזקו השישה הייתה במרחב רפיח, במרחק של קילומטר מזו שבה הוחזק החטוף ששוחרר פרחאן אל-קאדי רק לפני כמה ימים. בצה"ל העריכו שבאזור שבו הוא הוחזק מצויים חטופים נוספים, אך לא היה בידי הצבא מודיעין מדויק על מיקומם.
ברגע שכוחות צה"ל הגיעו למנהרה הם גילו שעומקה כ-20 מטר ולקח זמן לחלץ אותם החוצה. כשהועברו לגבול המתינו במקום צוותים שביצעו בדיקות רפואיות והזיהוי שלהם עוד התרחש בשטח על מנת לספק מידע מהיר ככל הניתן למשפחות. ברגע שהיה זיהוי ודאי עודכנו המשפחות.
תגובות חריפות במערכת הפוליטית
את ההודעה הרשמית פרסמו בצה"ל אמש, והבהירו כי אותרו כמה גופות ברצועה וקראו להימנע מהפצת שמועות. בתגובה, במטה משפחות החטופים האשימו את נתניהו בהפקרת החטופים, ואמרו כי החל מהבוקר "המדינה תרעד" ועל הציבור להיערך לכך.
חבר הממשלה הראשון שהגיב היה שר הביטחון יואב גלנט, שכתב: "בשעה קשה וכואבת זו, ליבי עם משפחותיהם של החללים שנרצחו בדם קר בשבי חמאס וגופותיהם הושבו הלילה לקבר ישראל. הערכה רבה ללוחמי צה"ל ושב״כ על מבצע חילוץ מורכב. יהי זכרם ברוך".
הנשיא הרצוג מסר הבוקר הודעת ניחומים עם היוודע דבר הירצחם של החטופים, שגופותיהם הובאו מעזה במבצע צבאי. "בשם מדינת ישראל אני מאמץ את משפחותיהם אל הלב, ומבקש סליחה", כתב הנשיא. "סליחה על שלא הצלחנו להשיב את יקיריכן הביתה בשלום. נמשיך להילחם עד חורמה בארגון הטרור הנפשע חמאס, שהוכיח שוב שאין קץ לרצחנותו ולפשעים נגד האנושות שהוא מוכן לבצע. דמי אחינו זועקים אלינו. אחיותינו ואחינו עדיין נמצאים שם בתופת. הברית העליונה בין המדינה לאזרחיה היא לשמור על ביטחונם. עלינו מוטלת המשימה הקדושה, האמיצה והדחופה, להחזיר אותם הביתה".

