הסברה היא שמשפחת ביבס נחטפה על ידי חמאס וקבוצה נוספת הנקראת גדודי המוג'אהדין, שהיא אחת מקבוצות הטרור הקטנות בעזה. משרד ראש הממשלה הודיע כי עודד ליפשיץ נרצח בשבי על ידי ארגון הטרור הג'יהאד האסלאמי – מה שמראה כי ישראל יודעת פרטים מסוימים על אילו ארגונים מחזיקים באיזה חטופים. בתכנון השבעה באוקטובר, חמאס השתמש בעשרות יחידות של לוחמים כדי לפרוץ חורים בגדר, ואף עודד קבוצות טרור אחרות ואלפי אזרחים לפרוץ גם הם את הגדר במטרה לחטוף, לבזוז ולהרוג ולכבוש את היישובים.
ג'ו טרוזמן, אנליסט בכיר במכון להגנת הדמוקרטיות (FDD) ועורך ב-Long War Journal של FDD, כתב ברשתות החברתיות ב-18 בפברואר כי "מאז תחילת המלחמה בעזה, עקבתי אחר הצהרות של חמאס ותנועת המוג'אהדין הפלסטינית, שהם שני ארגוני הטרור המעורבים בחטיפת שירי, אריאל וכפיר ביבס", הוא ציין, "האם והילדים נחטפו על ידי מחבלים ב-7 באוקטובר והועברו לחאן יונס, שם צילומי מצלמות אבטחה שפרסם צה"ל הראו את המשפחה במחנה אימונים ששימש את תנועת המוג'אהדין הפלסטינית, המכונה גם גדודי המוג'אהדין הפלסטיניים (בעלת ברית של חמאס)".
ארגון הטרור המוג'אהדין נוסד ב-2006. טרוזמן קטלג אותם בעבר כאחד מ-28 הארגונים הנתמכים על ידי איראן שפועלים בגדה המערבית. היא טענה שיש לה סניף בגדה המערבית מאז 2023, כשהם נקראים "יחידת השהידים של הפנים הכבוש".
אל-ג'זירה ציינה שהמוג'אהדין היה אחד מקבוצות רבות בעזה שנלחמות נגד ישראל בכתבה מנובמבר 2023. היא כינתה את גדודי או חטיבות המוג'אהדין כ"זרוע הצבאית" של תנועת המוג'אהדין, "שהתפצלה מתנועת פתח, וכוחותיה מייצגים חטיבה לשעבר של גדודי חללי אל-אקצא, חטיבת השהיד ג'יהאד אל-עמרין." היא אומרת שהחטיבות נוסדו על ידי עומר אבו שריעה ב-2006 עם כוח של כאלפיים לוחמים.
"מעורבות המוג'אהדין הפלסטיני ברצח וחטיפת בני משפחת ביבס מדגימה את היחסים הקרובים שיש לחמאס עם קבוצות טרור קטנות יותר בעזה. חמאס מנצל קבוצות חמושות אלה, המשמשות כמנגנון תמיכה ושותף בהתקפות מתואמות נגד ישראל", אמר טרוזמן בריאיון לג'רוזלם פוסט.
לא ידוע הרבה על מה שקרה למשפחה בין ה-7 באוקטובר לסוף נובמבר. חמאס, נזכיר, טען ב-29 בנובמבר ששירי, אריאל וכפיר נהרגו. חמאס העלה טענות אלה בהקשר של עסקת החטופים הראשונה כאשר היה אמור למסור את שירי והילדים. הוא אמר שימסור את הגופות ועסקת החטופים קרסה. "תנועת המוג'אהדין הפלסטינית פרסמה הודעת המשך שהכריזה כי תקיפה אווירית ישראלית הרגה את שירי, אריאל וכפיר, יחד עם חברי הארגון שהחזיקו במשפחה כבני ערובה. כמו הצהרת חמאס, הקבוצה לא סיפקה הוכחות לתמיכה בטענתה", הוסיף טרוזמן.
סרטון של הקבוצה פורסם על ידי Middle East Eye ב-20 בפברואר 2025 כדי לספק הקשר למסירה. הוא הראה "מפקד שטח" של גדודי המוג'אהדין שאומר ששירי ביבס הייתה "חיילת ישראלית פעילה", כתירוץ לכך שהארגון חטפה אותה. עוד נטען שהיא והילדים נהרגו בתקיפה אווירית ושגם השובים שלהם נהרגו. אותו ארגון טרור שהחזיק בשירי ובילדים, השתתף בטקס המסירה ב-20 בפברואר.
עם זאת, ייתכן כי המוג'אהדין וחמאס הם לא היחידים שהיו מעורבים בחטיפה. בפברואר 2024 דווח כי דובר צה"ל תא"ל דניאל הגרי אמר כי "בני משפחת ביבס נחטפו על ידי ארגון הנקרא 'אדוני המדבר'". הוא אמר באותה עת כי "לחמאס יש את כל הפרטים והוא הכתובת לכל החטופים. אנחנו מאוד מודאגים לגורלם. כשתהיה לנו ודאות, נודיע למשפחה תחילה".
הוא הביע דאגה בגלל טענות חמאס שהמשפחה נהרגה. "אין סרטונים אחרים שאני מכיר שלא שחררנו לציבור. הייתי רוצה שיהיו סימני חיים נוספים; אנחנו עובדים עליהם כל הזמן".
חמאס שחרר את ירדן ביבס ב-1 בפברואר. לא ידוע אם קבוצת המוג'אהדין הייתה אחראית לרצח שלהם או אם חמאס היה. כמו כן לא ידוע מתי גופותיהם נמסרו לחמאס או מדוע חמאס הניח את הגופה הלא נכונה בארון שנמסר לצלב האדום ב-20 בפברואר.
מה שברור הוא שחמאס מאפשר לקבוצות כמו הג'יהאד האיסלאמי הפלסטיני, המוג'אהדין ואחרים לפעול בעזה. הוא מאפשר להם לפעול כדי להשתמש בהם לעזרה במלחמה בישראל. הוא יכול גם להאשים אותם בבעיות שונות. למשל, בעבר, חמאס אפשר לג'יהאד האיסלאמי לתקוף את ישראל, ואז חמאס עצמו נמנע מלהצטרף לג'יהאד האיסלאמי. זו דרך נוחה לחמאס גם להשתמש וגם להרוויח מנוכחות קבוצות אלה.
חמאס מאפשר להם להצטרף לטקסים אך לא נותן להם יותר מדי קרדיט, פן יאבד את "הניצחון" שהוא טוען נגד ישראל. אם חמאס יעלה בגדה המערבית, הוא ירצה לשתף פעולה עם קבוצות אלה כדי להרחיב את בסיס הפעולות שלו. ישראל לא הטילה אחריות על קבוצת המוג'אהדין כאחראית רשמית לרצח משפחת ביבס.
